AAV(腺相关病毒)衣壳蛋白的进化方法通常涉及生物学和工程学技术的结合，这些技术可以用来定向进化和筛选具有理想特性的AAV变体。以下是一些常见的AAV衣壳蛋白进化方法的简要概述：
分子进化(Molecular evolution)：这是一种通过随机突变产生大量AAV衣壳变异体库，然后通过特定的筛选压力选择理想特性病毒的过程。这些突变可以是局部点突变，片段重排，或者是序列插入。
噬菌体展示技术(Phage display)：这项技术利用噬菌体表面展示蛋白质或多肽的能力。可以通过噬菌体展示库将AAV衣壳蛋白或其部分片段随机展示在噬菌体表面，然后通过筛选富集那些具有所需特性的变体。
DNA 分子整合(DNA shuffling)：通过这种技术，可以将来自多种不同AAV衣壳蛋白的DNA片段随机混合和重组，创造出新的基因组合，从而产生具备新性状的衣壳变体。
错配PCR(Mismatch PCR)：通过设计带有所需突变的启动子，进行PCR扩增时可引入突变到AAV衣壳基因中，促进新变体的产生。
定向进化(Directed evolution)：这涉及到系统地引入突变，并且筛选那些提升AAV特性的变体。这个过程通常涉及迭代的突变和筛选步骤，最终会选出一群具有较高适应性的变体。
育种(Breeding)：将两种或多种AAV变体杂交，以产生具有结合亲本特征的后代。通过对后 代的筛选，可以筛选出具有特定特性的衣壳蛋白。
完成这些进化方法后，通常需要对筛选出的AAV衣壳变体进行严格的表征，以确保它们保持功能并具有愈发优良的特性，比如增加了对特定细胞类型的靶向性或是增强了遗传物质的传递效率。这些研究和工程进化方法大大拓展了AAV在基因治疗领域的应用范围。
