vg/mL 与 GC/mL 本质上是同一个概念,都指 病毒基因组数量,通常可以 互相等同视为 1:1。差别仅在于 检测方法不同,导致数值可能略有差异。
尽管通常可以互换使用,但这两个术语的侧重点略有不同:
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vg/mL
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全称: Vector Genomes per milliliter
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中文: 每毫升载体基因组
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含义: 指每毫升样品中含有完整病毒基因组(无论是单链还是双链DNA/RNA)的病毒颗粒的数量。这个单位更侧重于“具有遗传物质的物理颗粒”。
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GC/mL
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全称: Genome Copies per milliliter
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中文: 每毫升基因组拷贝数
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含义: 指每毫升样品中通过定量PCR(qPCR)检测到的病毒基因组特定序列的拷贝数。这个单位更侧重于“可检测到的基因序列数量”。
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在理想情况下,一个完整的、有感染能力的病毒颗粒包含一份完整的基因组。因此,通过qPCR检测到的基因组拷贝数(GC)就应该等于病毒颗粒数(vg)。
然而,在现实实验中,有几个因素可能导致 vg/mL 和 GC/mL 的测量值出现偏差:
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不完全/空壳病毒颗粒: 病毒制备物中可能含有一些没有包装进基因组的“空壳”病毒颗粒。这些颗粒会被电子显微镜计数或ELISA等方法计入物理颗粒数,但用qPCR检测时(GC/mL)则检测不到信号,从而导致 vg/mL > GC/mL。
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qPCR标准品的偏差: qPCR的准确性高度依赖于用于制作标准曲线的标准品。如果标准品的浓度或结构不准确,会导致GC/mL的测量值系统性地偏高或偏低。
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qPCR的扩增效率: 样品中的杂质可能会抑制qPCR反应,导致扩增效率降低,从而使测得的GC/mL值低于实际的vg/mL。
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基因组聚集或降解: 如果病毒基因组发生降解,一个物理颗粒可能无法提供一个完整的qPCR信号。反之,如果DNA在样品中聚集,一个信号可能来自多个基因组,造成偏差。
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参考基因的选择: qPCR针对基因组上的哪个区域进行扩增,也会影响结果。
总结与建议
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日常使用: 在阅读文献、产品说明书或进行常规实验时,你可以将 vg/mL 和 GC/mL 视为等同,直接进行1:1换算。
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严谨报告: 在撰写论文或正式报告时,应遵循该领域的惯例。目前,vg/mL 在描述病毒载体时更为常用和推荐。
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理解差异: 当看到两个数值不一致时,要明白这可能是由于上述实验因素造成的。一个高质量的病毒制品要求其 vg/mL 和具有生物活性的滴度(如感染性滴度 IU/mL)之间的比值尽可能接近1。
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确认方法: 在最关键的应用中,应了解并确认所使用的测量方法(qPCR/dPCR)以及标准品的具体情况。
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