慢病毒载体，指以人类免疫缺陷病毒-1 (H IV-1) 来源的一种病毒基因治疗载体。区别一般的逆转录病毒载体，它对分裂细胞和非分裂细胞均具有感染能力。慢病毒载体直接用于宿主细胞的感染，目的基因进入到宿主细胞之后，经过反转录，整合到基因组，从而高水平地表达效应分子。
质粒(Plasmid)是附加到细胞中的非细胞的染色体或核区DNA原有的能够自主复制的较小的DNA分子;一般来说，质粒的存在与否对宿主细胞生存没有决定性的作用;它是基因工程最常见的运载体。
那么慢病毒载体和质粒载体的区别是什么呢?
1、进入细胞方式不一样
质粒通过转染进入目的细胞，病毒通过感染进入目的细胞，特异性更强，且效率更高。
2、所搭载的序列形式及其发挥功能的方式可能不一样
质粒DNA所搭载的目的序列是DNA，并且DNA通常需要进入细胞核才能行使相应的功能;病毒载体搭载的序列可以是DNA，也可以是RNA，而RNA序列通常不需要入核行使功能，并且如果是进行宿主基因组的同源重组，病毒载体效率更高。
3、包装、提纯方式不一样
质粒通常是在原核细胞内进行扩增后提纯;病毒载体通常在真核细胞内包装后逐步扩大培养后裂解细胞/收集上清后提纯获得。
4、保存方式不一样
质粒通常稳定性非常好，对温度不敏感;
病毒不一样，一般需要低温冷冻保存对温度很敏感，反复冻融对活力影响也非常大。
5、在疫苗应用不同
质粒DNA作为DNA疫苗的载体，通常免疫原性较低，需要使用脂质体或者电击枪用于增强DNA进入细胞;
病毒载体疫苗免疫原性较好，通常很容易诱导较强的抗体和T细胞免疫原性，但往往受限于预存免疫。