慢病毒和腺相关病毒（AAV）在基因治疗中的应用各有不同，它们在基因传递机制、适用性、安全性等方面存在显著差异。以下是两者的详细对比：
| 特性 | 慢病毒（Lentivirus） | 腺相关病毒（AAV） |
| 基因整合 | 基因整合到宿主基因组中，提供长期稳定表达 | 基本不整合到基因组，形成独立的环状DNA（episome）长期表达 |
| 基因表达持续性 | 长期稳定表达，适用于需要持久表达的基因治疗 | 长期表达，尤其适合非分裂细胞，但通常不如慢病毒稳定 |
| 载量 | 载量中等，约8 kb | 载量较小，约4.7 kb |
| 感染细胞类型 | 可感染分裂和非分裂细胞，适用广泛 | 主要感染非分裂细胞，如神经元、肌肉细胞等 |
| 传递效率 | 感染效率较高，尤其是在分裂细胞中表现优越 | 感染效率较高，特别是在非分裂细胞中有更好的传递效果 |
| 安全性 | 由于整合到基因组，存在插入突变的风险 | 不整合到基因组，安全性更高，插入突变风险小 |
| 免疫反应 | 可能引起一定的免疫反应，尤其是在体内反复使用时 | 免疫原性较低，但多次使用可能引发免疫反应（尤其是已存在的抗体） |
| 应用场景 | 适用于需要长期基因表达的治疗，如免疫细胞疗法、基因编辑等 | 适用于治疗需要长期但不需整合基因的疾病，如神经系统、眼科和肌肉疾病的基因治疗 |
| 临床应用进展 | 已广泛应用于研究和部分临床试验，如CAR-T细胞治疗 | 被广泛应用于基因治疗临床试验，特别是在神经系统和眼科的基因治疗中 |
| 生产难度和成本 | 生产较为复杂，成本相对较高 | 生产相对简单，成本相对较低 |
| 适用疾病类型 | 适合需要基因稳定整合的疾病，如某些免疫系统疾病或基因缺陷病 | 适合不需要基因整合的疾病，如视网膜病变等 |
主要区别概述：
- 基因整合与表达持续性：
- 慢病毒整合到宿主基因组中，能实现稳定的长期基因表达，适合需要持续基因表达的治疗，但有潜在的插入突变风险。
- AAV病毒不整合到基因组中，主要通过形成独立的环状DNA提供长期基因表达，安全性较高，适合不需要基因整合的治疗，特别是在非分裂细胞中，如神经元。
- 适用的细胞类型：
- 慢病毒可以感染分裂和非分裂细胞，因此在分裂细胞（如免疫细胞）中有更广泛的应用。
- AAV病毒更擅长感染非分裂细胞，在神经系统和眼科疾病的基因治疗中应用广泛。
- 免疫反应：
- 慢病毒可能引起较强的免疫反应，尤其是在反复注射时。
- AAV病毒免疫原性较低，但在体内反复注射时可能会引起免疫系统的反应，尤其是在宿主已经存在AAV抗体的情况下。
慢病毒适用于需要长期稳定基因整合的治疗，如免疫疗法或基因编辑等，能够有效感染各种细胞类型。
AAV病毒适合那些不需要基因整合但需要长期表达的治疗，特别是在神经系统、肌肉疾病等非分裂细胞相关的疾病中表现优异，且安全性较高。