除了腺相关病毒（AAV），在基因治疗中应用较为广泛的病毒载体还包括以下几类：
慢病毒（Lentivirus, LV）
慢病毒是逆转录病毒的一种，能够将基因组整合到宿主细胞的基因组中，适合用于长期基因表达。它在基因治疗中应用广泛，尤其适合血液系统和神经系统等组织的基因治疗，常用于HIV感染的CD4+ T细胞和其他干细胞的改造。
腺病毒（Adenovirus, AdV）
腺病毒载体能够高效感染多种类型的细胞，并且基因表达量大，适合短期的基因表达，但不整合到宿主基因组，因此基因表达是暂时的。这种载体常用于肿瘤基因治疗和疫苗研发。
逆转录病毒（Retrovirus, RV）
逆转录病毒也能将基因整合到宿主基因组中，因此在干细胞和长期基因表达的治疗中得到应用，但其感染能力受限，多用于分裂细胞的基因转导。
HSV（单纯疱疹病毒，Herpes Simplex Virus）
HSV载体具有较大的基因承载能力，能携带多个基因并在神经系统中实现高效转导。它在神经系统相关疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）以及癌症基因治疗中有研究应用。
以下是腺相关病毒（AAV）、慢病毒（LV）和腺病毒（AdV）载体在基因治疗中的对比表：
| 特性 | 腺相关病毒（AAV） | 慢病毒（Lentivirus, LV） | 腺病毒（Adenovirus, AdV） |
| 基因组类型 | 单链DNA | 单链RNA | 双链DNA |
| 整合到宿主基因组 | 不整合，游离在细胞核中 | 整合到宿主基因组，适合长期表达 | 不整合，游离在细胞核中，适合短期表达 |
| 表达时间 | 中长期（数月至数年） | 长期（数年） | 短期（数天至数周） |
| 载体容量 | 小，约4.7 kb | 中等，约8 kb | 大，约36 kb |
| 感染细胞类型 | 可感染分裂和非分裂细胞 | 多用于分裂细胞 | 可感染多种分裂和非分裂细胞 |
| 免疫原性 | 低 | 较低 | 较高，易引发宿主免疫反应 |
| 适用领域 | 眼科、神经系统、肌肉相关疾病 | 血液系统、干细胞、慢性疾病 | 肿瘤基因治疗、疫苗、抗体基因递送 |
| 安全性 | 较高，不会引起宿主基因组突变 | 较高，但存在整合致癌风险 | 较低，高剂量时存在毒性和免疫风险 |
| 生产难度 | 较难，产量较低 | 中等 | 容易，产量高 |
| 使用限制 | 载容量有限 | 可能引起插入突变 | 容易引起免疫反应，适合体外应用或疫苗 |