重组腺相关病毒（rAAV）和腺相关病毒（AAV）的主要区别如下：
基因组和结构：
AAV是一种单链DNA病毒，基因组长约4.7kb，包含两个反向末端重复序列（ITR）和两个开放读码框架（ORF），分别编码Cap和Rep蛋白。
rAAV是在野生型AAV基础上改造而成的基因载体，剔除了AAV编码蛋白Rep或Cap基因的序列，只在载体的两端留有作为包装信号的ITR。
复制能力：
野生型AAV需要辅助病毒（如腺病毒）参与复制，而rAAV作为重组载体，不具备自主复制能力。
基因治疗应用：
rAAV因其安全性高、宿主细胞范围广、免疫源性低，在体内表达外源基因时间长等特点，被视为最有前途的基因转移载体之一。
rAAV不会与宿主基因组整合，从而避免产生癌症的风险，这是其在基因治疗中的重要优势。
表达时间和稳定性：
rAAV在细胞分裂不旺盛的组织中可持续表达6个月以上，而AAV作为野生型病毒，其表达时间和稳定性可能与rAAV有所不同。
免疫原性和安全性：
rAAV具有极低的免疫原性和高安全性，这使得它在基因治疗中具有明显优势。
包装容量：
AAV的包装容量约为4.5kb，而rAAV作为载体，其包装容量也受到类似限制。
组织特异性：
不同血清型的rAAV具有不同的组织特异性，可以针对不同的组织或器官进行基因递送。
rAAV是AAV的一种改良形式，主要用于基因治疗和研究，具有更高的安全性和更广泛的应用前景。