腺病毒（Adenovirus）和腺相关病毒（Adeno-associated virus, AAV）是两种不同的病毒，尽管名字中都有“腺”字，但它们在结构、功能和应用上有显著的区别。以下是二者的主要差异：
1. 分类和结构
腺病毒
属于腺病毒科（Adenoviridae）。
是一种中等大小的非包膜双链DNA病毒，基因组大小约为26-45 kb。
具有二十面体的衣壳结构，能够引发宿主免疫反应。
感染性较强，可感染多种哺乳动物，包括人类。
腺相关病毒
属于细小病毒科（Parvoviridae），是依赖性病毒，必须借助辅助病毒（如腺病毒或单纯疱疹病毒）完成复制。
是一种非包膜单链DNA病毒，基因组大小约为4.7 kb。
同样具有二十面体的衣壳，但感染性和免疫原性比腺病毒低。
2. 复制特性
腺病毒
能自主复制，不依赖其他病毒。
感染后直接启动病毒复制周期。
感染后会整合到宿主细胞外的细胞核中，不整合入宿主基因组，但可能导致宿主细胞病变或免疫反应。
腺相关病毒
是一种依赖性病毒，只有在辅助病毒（如腺病毒）存在的情况下才能有效复制。
可以整合到宿主基因组特定位点（如人类第19号染色体），整合能力较强，且较少引发细胞病变。
3. 致病性
腺病毒
可引起人类的呼吸道、眼部、肠胃和泌尿系统感染。
症状包括感冒、咽结膜热、胃肠炎等，部分类型还可能引发更严重的疾病。
腺相关病毒
本身几乎无致病性，是一种低致病性的病毒。
广泛分布于人群中，但不引发明显疾病。
4. 基因治疗中的应用
腺病毒
因其感染范围广、复制能力强，用于基因治疗中的基因转移工具。
缺点是容易引发宿主强烈的免疫反应，限制了其长期应用。
腺相关病毒
是目前基因治疗中最热门的载体之一，具有低免疫原性和较高的安全性。
可实现长期基因表达，尤其适用于治疗遗传性疾病（如视网膜色素变性、杜氏肌营养不良等）。
5. 疫苗载体
腺病毒
常被用作疫苗载体，例如新冠病毒疫苗（如阿斯利康疫苗和强生疫苗）。
通过携带抗原基因，引发宿主免疫反应。
腺相关病毒
通常不用于疫苗载体，更专注于基因治疗领域。
对比表
| 特性 | 腺病毒 | 腺相关病毒 |
| 基因组类型 | 双链DNA | 单链DNA |
| 是否依赖辅助病毒 | 否 | 是 |
| 致病性 | 有致病性 | 无明显致病性 |
| 应用领域 | 疫苗、基因治疗 | 基因治疗（尤其遗传病） |
| 免疫原性 | 高 | 低 |