决定腺相关病毒 (AAV) 包装血清型的是Rep-Cap质粒，也称为 Rep/Cap 质粒。
在 AAV 病毒包装系统中，通常使用三质粒系统，具体如下：
1.AAV 载体质粒 (Transfer Plasmid)
携带目标基因（外源基因），两侧有 AAV 的反向末端重复序列（ITR），负责目标基因的包装。
2.辅助包装质粒 (Rep/Cap Plasmid)
决定 AAV 的血清型。
Rep 基因：负责 AAV 的复制功能，通常保持不变。
Cap 基因：编码衣壳蛋白，决定 AAV 的血清型。例如，Cap 基因来自 AAV2 血清型时，则生成 AAV2 病毒；来自 AAV9 血清型时，则生成 AAV9 病毒。
3.腺病毒辅助质粒 (Helper Plasmid)
提供腺病毒的必要辅助功能（如 E1A、E1B 和 E2 等基因），用于提高 AAV 的包装效率。
因此，AAV 血清型由 Rep/Cap 质粒中 Cap 基因的来源 决定，例如 AAV1、AAV2、AAV9 等不同血清型。
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