AAV（腺相关病毒）三质粒系统与野生型AAV相比具有以下显著优势，主要体现在生产效率、安全性、灵活性等方面：
1. 生产效率高
野生型AAV 的基因组包含了所有病毒相关的编码区域，必须经历自然感染过程来增殖，生产效率较低。
AAV三质粒系统 将AAV的功能分离为三个质粒：包装质粒（Rep和Cap基因）、辅助质粒（提供腺病毒的辅助功能，如E1A、E1B等）和载体质粒（携带目标基因）。通过转染宿主细胞（如HEK293细胞），可以在短时间内高效生产病毒颗粒。
2. 安全性高
野生型AAV 含有完整的病毒基因组，因此有低概率逆转为复制型病毒，从而可能引发安全风险。
AAV三质粒系统 剔除了AAV的病毒复制能力，仅保留包装和辅助功能，去除了病毒自身的感染性基因，大幅降低了潜在的安全隐患。
3. 更强的灵活性
野生型AAV 的基因组结构固定，限制了目标基因的插入。
AAV三质粒系统 允许用户根据需求设计载体质粒，可灵活插入不同大小的目标基因，并可以通过选择不同的Cap蛋白亚型来调整AAV的组织特异性（如AAV2、AAV9等）。
4.生产工艺更灵活
AAV三质粒系统通过共转染的方式生产重组AAV，工艺灵活，易于优化和放大，适合大规模生产。
5. 降低了腺病毒的污染风险
在野生型AAV的生产过程中，常需依赖腺病毒进行辅助，但这可能导致腺病毒的残留污染。
AAV三质粒系统通过在辅助质粒中提供腺病毒的辅助基因，无需使用完整的腺病毒，极大降低了腺病毒污染的可能性。
6. 基因插入容量更高
野生型AAV 的基因组结构中，携带外源基因的容量较低（约4.7 kb），且受限制更大。
AAV三质粒系统中，设计优化的载体质粒可以更合理利用AAV的基因容量，便于更高效地插入和表达目标基因。
AAV三质粒系统在安全性、免疫原性、装载能力、组织靶向性、表达稳定性、生产工艺等方面均优于野生型AAV，是目前基因治疗领域中最常用的病毒载体系统。