mCherry 和 EGFP（增强型绿色荧光蛋白）都是常用的荧光蛋白标记，各有优势，但在某些应用场景下，mCherry 可能更具优势，主要体现在以下几个方面：
1. 光谱特性
mCherry 的红色荧光波长较长，在生物组织中的 穿透力更强，适合 深层组织成像。
2. 光毒性更低
红光（mCherry）相比绿光（EGFP）对细胞的 光毒性更低，因此更适用于 活细胞长时间成像 和 光照敏感实验。
3. 光漂白抗性更强
mCherry 具有更高的 光稳定性，比 EGFP 更耐光漂白，适合长时间曝光的荧光成像实验。
4. 低背景干扰
mCherry 的发射波长处于红光范围，能有效减少 细胞内自发荧光（autofluorescence） 的干扰，从而提高信噪比（SNR），适用于 哺乳动物细胞和组织成像。
5. 多色标记的兼容性
mCherry 的红色荧光与 EGFP、YFP、CFP 这些绿色和蓝色荧光蛋白兼容，便于 多重荧光标记实验（如双标或三标实验）。
6.适用场景对比
| 特性 | mCherry | EGFP |
| 光漂白抗性 | 高 | 适中 |
| 光毒性 | 低 | 相对较高 |
| 自发荧光干扰 | 低（背景干扰小） | 较高 |
| 深层组织成像 | 适合 | 受限 |
| 量子产率 | 适中（低于 EGFP） | 高 |
| 适用于多重荧光标记 | 更适合（可与 EGFP、YFP 兼容） | 适合但有色谱重叠 |
如果你需要 深层组织成像、活细胞长期观察、多色荧光标记或减少背景干扰，mCherry 可能是更好的选择。如果你需要 高荧光亮度、短曝光时间或单独使用绿色荧光标记，EGFP 可能更合适。