AAV质粒（腺相关病毒质粒）是用于包装和生产AAV病毒颗粒的重要组成部分，广泛用于基因治疗和基因功能研究。一个完整的AAV病毒包装系统通常包含三类质粒，称为“三质粒系统”。每种质粒的组成和功能如下：
一、载体质粒（Transfer plasmid / Vector plasmid）
ITRs（Inverted Terminal Repeats，反向末端重复序列）： 位于5’和3’两端，是AAV基因组的必需元件，约145 bp，参与病毒基因组的打包和复制。
目标基因（GOI, gene of interest）： 通常是外源插入的表达基因。
启动子（Promoter）： 启动目标基因的转录，如CMV、EF1α、Syn等。
增强子和多腺苷酸化信号（Enhancer, PolyA signal）： 增强表达和稳定mRNA。
功能： 提供待包装的基因序列，最终被包装进AAV颗粒中。
二、包装质粒（Packaging plasmid）
rep基因： 编码AAV复制相关蛋白（Rep78、Rep68等），介导病毒基因组的复制和整合。
cap基因： 编码衣壳蛋白VP1、VP2、VP3，形成AAV病毒颗粒。
功能： 提供AAV自身必需的包装蛋白。
三、辅助质粒（Helper plasmid）
通常来源于腺病毒（Adenovirus）基因，含以下元件：
E2A、E4、VA RNA基因
有时还包括E1（视宿主细胞情况）
功能： 提供AAV复制所需的辅助因子，模拟AAV感染时共感染腺病毒的情况，使AAV能高效复制和包装。