三质粒包装系统，是用于腺相关病毒 AAV等病毒载体系统生产中的一种常用策略，目的是实现高效、安全地包装病毒颗粒。这个系统常用于腺相关病毒（AAV）的生产，尤其是在基因治疗、病毒介导的基因转染等领域非常常见。
一、rep/cap 质粒（Replication and Capsid Plasmid）
主要功能：提供病毒的复制（rep）和衣壳蛋白（cap）编码基因。
适用范围：这个术语常用于 AAV 包装系统中。
rep基因编码病毒复制所需的蛋白。
cap基因编码形成病毒外壳的蛋白，决定了病毒血清型（如AAV2、AAV9等）。
二、腺病毒辅助质粒（Adenoviral Helper Plasmid）
主要功能：提供病毒生产所需的辅助功能（比如E2A、E4、VA RNA等），这些基因来自腺病毒，但去除了可复制能力，以确保安全。
适用范围：用于 AAV 包装系统，提供病毒粒子形成所需的辅助因子。
AAV 包装中不可缺少。
三、目标载体质粒（Transfer Plasmid 或 Expression Plasmid）
主要功能：携带你想要包装进病毒中的基因（转基因），也就是你想要导入目标细胞的表达盒（包括启动子、GOI（gene of interest）、报告基因等）。
该质粒中的序列会表达于目标细胞中。
对应于 AAV 中的 ITR 区域之间的载体序列。
AAV三质粒包装系统的举例：
Rep/Cap 质粒（如 pAAV2/9）：提供复制蛋白和血清型决定性衣壳蛋白。
Helper 质粒（如 pHelper）：提供来自腺病毒的辅助因子。
Transfer 质粒（如 pAAV-CAG-GFP）：含有两端 ITR 序列夹着的表达盒，如 GFP 基因。