慢病毒包装通常需要至少三个质粒，采用四质粒系统是目前最主流、最安全的方法。
这套系统的核心思想是将慢病毒复制所需的遗传元件拆分到不同的质粒上，通过共同转染包装细胞，在细胞内临时组装出有感染能力的病毒颗粒，但自身无法复制，从而大大提高了生物安全性。
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转移载体质粒（Transfer vector）
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含有目标基因（shRNA、cDNA 等）和必要的顺式作用元件（LTR、Ψ包装信号、RRE、cPPT、WPRE等）。
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这是病毒颗粒中真正进入宿主细胞并整合进基因组的部分。
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包装质粒（Packaging plasmid）
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提供病毒结构和复制所需的蛋白，如 Gag、Pol（包括逆转录酶、整合酶）以及有时的 Rev。
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不含有病毒的包装信号（Ψ），因此自身不会被打包进病毒颗粒。
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包膜质粒（Envelope plasmid）
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常用的是 VSV-G（Vesicular Stomatitis Virus G protein），赋予病毒广谱感染能力和较高的稳定性。
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也可以根据实验需要选择其他包膜蛋白以改变病毒的嗜性。
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常见的系统举例
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第三代慢病毒系统（更安全）：
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将辅助功能拆分为 四个质粒：转移载体、Gag/Pol 质粒、Rev 质粒、VSV-G 包膜质粒。
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由于包装元件分散，减少了重组生成复制型病毒的风险。
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第二代慢病毒系统：
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多为 三个质粒：转移载体、Gag/Pol/Rev 合并的质粒、VSV-G 包膜质粒。
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