AAV（腺相关病毒，adeno-associated virus）质粒通常由以下几个关键结构元件组成：
1. 反向末端重复序列（ITRs – Inverted Terminal Repeats）
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位置与功能：位于质粒的最两端，是AAV基因组的核心顺式作用元件。
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必要性：是AAV基因组复制、从生产质粒上被“剪切”下来、以及最终被包装到病毒衣壳内所必需的唯一来自野生型AAV的序列。没有ITRs，就无法生产出rAAV。
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结构：形成发夹结构的回文序列，长约145个碱基对。
2. 启动子（Promoter）
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功能：控制下游目的基因的转录起始，决定基因在什么细胞、什么时候、以多强的水平进行表达。
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类型：
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通用型强启动子：如CMV（巨细胞病毒立即早期启动子）、CAG（复合启动子，包含CMV增强子和鸡β-肌动蛋白启动子），能在大多数细胞类型中驱动高强度表达。
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组织/细胞特异性启动子：如hSyn（人突触蛋白启动子，用于神经元）、GFAP（胶质纤维酸性蛋白启动子，用于星形胶质细胞）、Alb（白蛋白启动子，用于肝细胞），可限制基因在特定细胞中表达。
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3. 目的基因（Gene of Interest, GOI）
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功能：这是整个载体的有效载荷（Payload），即你希望递送并表达的基因（如治疗性基因、报告基因如GFP、或shRNA等）。
4. 终止信号/多聚腺苷酸化信号（Polyadenylation Signal, PolyA）
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功能：位于目的基因的下游，为mRNA转录提供终止信号，并在其3’末端添加一串多聚腺苷酸（polyA）尾。这对于mRNA从细胞核转运到细胞质、以及其稳定性至关重要。
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常见类型：SV40 polyA、BGH（牛生长激素）polyA、合成polyA等。
5. 增强表达/调控的辅助元件（可选但常用）
为了优化表达，通常会在表达框架中加入一些辅助元件：
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WPRE（土拨鼠肝炎病毒转录后调控元件）：位于终止子之前，能显著增强mRNA的稳定性和核输出，从而提高蛋白表达水平。
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内含子（Intron）：如来自鸡β-肌动蛋白基因的内含子。内含子的存在可以大大增强pre-mRNA的剪切和成熟效率，从而提升基因表达水平。
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miRNA靶位点（miRNA Target Sites）：用于在特定细胞类型中“沉默”或“降低”转基因的表达。例如，在靶向神经元的载体中加入肝细胞特异性miRNA的靶位点，可以“脱靶”表达，使病毒在进入肝细胞时被沉默，增强特异性。
6. 质粒骨架（Bacterial Backbone）
这部分不会被包装到rAAV病毒颗粒中，其唯一作用是为了在实验室里用大肠杆菌大量扩增这个质粒。
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细菌复制起点（ori）：如pUC ori，允许质粒在细菌中进行高水平复制，从而获得高产量的质粒DNA。
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抗生素抗性基因：如氨苄青霉素抗性基因（AmpR）或卡那霉素抗性基因（KanR），用于在细菌培养过程中筛选出成功转化了该质粒的菌落。
在生产rAAV病毒时，AAV质粒与另外两个提供反式作用蛋白的辅助质粒（包装质粒提供Rep/Cap蛋白，辅助质粒提供腺病毒基因如E2A/E4/VA）共转染到生产细胞（如HEK293细胞）中。细胞机器会识别载体质粒上的ITR，并将两个ITR之间的所有序列剪切、复制并包装到由Cap蛋白构成的病毒衣壳中，形成有感染能力的rAAV病毒颗粒。
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