AAV大基因递送:突破4.7kb容量限制的拆分策略

2026年3月18日
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腺相关病毒(AAV)是目前基因治疗领域应用最广泛的病毒载体之一。凭借其低免疫原性、高转导效率以及在多种组织中实现长期稳定表达的能力,AAV已在基础研究和临床转化中取得了令人瞩目的进展——从早期获批的 AAV 基因治疗药物Glybera,到 Luxturna、Zolgensma 等里程碑式产品,AAV 的临床价值正在被不断验证。

然而,AAV 有一个几乎无法回避的物理限制——约 4.7 kb 的基因组包装容量。这一上限需要容纳目的基因编码序列(CDS)、启动子、增强子、poly(A) 信号序列以及病毒包装必需的反向末端重复序列(ITR,约 145 bp × 2)。当目的基因的 CDS 本身接近甚至大幅超过 4 kb 时,单个 AAV 载体便力不从心。

这并非小概率问题——许多重要遗传疾病的致病基因恰恰”超标”。以杜氏肌营养不良(DMD)为例,其 DMD 基因全长 cDNA 约 11 kb;DFNB9 型耳聋的致病基因 OTOF 约 6 kb;Stargardt 病的 ABCA4 基因约 6.8 kb。容量瓶颈,直接将这些疾病挡在了 AAV 基因治疗的”门外”。

面对这一挑战,研究者们开发出了一系列将大基因”化整为零、再聚为一”的双载体(或多载体)递送策略。本文将为您系统梳理这些策略的设计原理,各自的优缺点,并结合经典的应用案例,为您提供一份详尽的AAV大基因递送实战参考指南。

一、破“限”之道:大基因拆分与重组的核心技术策略

面对“超载”的基因货物,科学家们开发了多种巧妙的“拆分-重组”策略,其核心思想是将一个大基因拆分成两个或多个片段,分别包装进不同的AAV病毒中,在共感染目标细胞后,通过DNA重组、mRNA反式剪接或蛋白质内含肽剪接三种不同层面的分子机制,将这些基因片段重新拼接成一个完整的、具有功能的表达单元。

1. 重叠法 (Overlapping / Homologous Recombination) [1-2]

这是最早被开发也是最经典的双载体策略之一。

设计原理:将大基因从中间拆分为两部分,上游载体包含启动子和基因 5′ 片段,下游载体包含基因 3′ 片段和 poly(A)信号,分别构建到两个AAV载体上。关键在于,这两个载体的拆分区存在一段几百bp的同源重叠序列(overlapping sequence)。

重组机制当这两个AAV载体共感染同一个细胞并进入细胞核后,细胞会利用自身的同源重组修复机制,以重叠序列为模板,将两条AAV基因组拼接成一个完整的、可转录的DNA分子(图1)。

优点:

  • 概念简单,易于设计,无需引入额外的外源功能元件。
  • 重组后的产物是完整的DNA,可以实现长期稳定的表达。

挑战:

  • 重组效率偏低:依赖于细胞内源的同源重组,其效率在不同组织和细胞类型中差异很大,且通常不高。
  • 副产物问题:可能产生非同源末端连接(NHEJ)介导的副产物或单体截短蛋白,可能引发细胞毒性或免疫反应。

图1 重叠法(overlapping)双aav载体递送策略

图1 重叠法(Overlapping)双AAV载体递送策略[1]

2. 经典 dual-AAV trans-splicing先重建载体,再重建转录本[1,3]

为了克服同源重组效率低下的问题,研究者们将目光投向了更为高效的mRNA剪接过程。

设计原理:将过大的基因表达盒拆分为两个独立的AAV载体。

  • 5’端载体(上游载体):携带启动子(Promoter)、5’端编码序列(5′ CDS)以及位于3’端的剪接供体位点(Splice Donor, SD)。
  • 3’端载体(下游载体):携带剪接受体位点(Splice Acceptor, SA)、3’端编码序列(3′ CDS)以及多聚腺苷酸信号(PolyA)。

两个载体通过ITR(反向末端重复序列)介导的分子间重组进行头尾相连(head-to-tail concatemerization),形成完整的转录单元(图2)。

重组机制:两个AAV基因组的ITR序列通过分子间重组实现头尾相连,连接后,SD和SA信号识别并剪切除去中间的重组ITR序列,剪接后产生包含完整编码序列的单一mRNA分子,随后翻译成全长蛋白(图2)。

图2 反式剪接(trans splicing)双aav载体递送策略

图2 反式剪接(Trans-splicing)双AAV载体递送策略[1]

优点:

  • 明确的分子机制:相比重叠法的策略,dual-AAV trans-splicing具有更明确的分子机制,通过工程化的剪接信号精确控制重组过程。
  • 广泛适用性:不依赖于基因内部的同源序列,可适用于各种大型基因。
  • 背景表达低:单个载体表达的将是无功能的截短蛋白,降低了背景信号和潜在毒性。

挑战:

  • 方向性依赖:需要两个载体以特定的头尾方向连接,随机连接效率低。
  • 剪接效率问题:需要精确的剪接信号匹配,剪接效率可能影响最终蛋白产量。
  • 共转导要求:需要目标细胞同时被两个载体感染,对共转导效率要求高。
  • 组织/细胞类型差异:不同组织的DNA修复和剪接机制差异可能影响效率。

3. REVeRT:真正意义上的 mRNA反式剪接(trans-splicing)[4-5]

REVeRT (Reconstitution via mRNA Trans-splicing):通过 mRNA反式剪接在转录本层面重建完整大基因或大型编辑工具。该体系已被用于重建报告基因、CRISPRa、prime editor 以及大基因 ABCA4,并在细胞、类器官和小鼠体内得到验证 (图3) 。

设计原理:将过大的基因表达盒拆分为两个独立AAV载体,但与传统依赖DNA层面连接的双AAV不同,REVeRT的核心在于RNA层面的重建。

  • 5’端载体(上游载体):携带启动子、5’端编码序列、剪接供体位点(SDS)、互补结合域(binding domain)以及polyA等元件。
  • 3’端载体(下游载体):携带启动子、互补结合域、剪接受体位点(SAS)、3’端编码序列以及polyA信号。

两个载体进入同一细胞后,分别转录形成两段RNA,这两段RNA借助互补结合域靠近,再在SDS和SAS的介导下发生真正的mRNA反式剪接,生成完整成熟mRNA,最终翻译出全长蛋白。

重组机制:

REVeRT的重组过程主要发生在两条独立mRNA之间,而不是先在AAV基因组的DNA层面完成重组。具体来说,两个AAV分别转录产生5’片段RNA和3’片段RNA,这两条RNA在互补结合域的作用下相互配对并靠近,随后由细胞剪接机制识别剪接供体位点(SDS)和剪接受体位点(SAS),切除中间非编码序列并完成反式剪接,最终形成包含完整编码序列的成熟mRNA,再进一步翻译生成全长蛋白。

图3   revert法双aav载体递送策略

图3   REVeRT法双AAV载体递送策略[4]

优点:

  • 不依赖DNA同源重组,机制更直接:REVeRT主要依赖mRNA反式剪接完成重建,而不是依赖效率有限的DNA层面重组,因此在原理上绕开了传统DNA trans-splicing效率不稳定的问题。
  • 应用范围广:该体系不仅能重建报告蛋白,还能用于 CRISPRa、prime editing、体内多重编辑(同时激活和敲除)以及大基因补充治疗。
  • 体内外均具有可观重建效率

挑战:

  • 仍然依赖双载体共转导:REVeRT必须要求同一目标细胞同时获得两个AAV载体,之后两条RNA才能发生trans-splicing。因此在体内尤其是系统给药条件下,共转导效率仍然是限制因素。
  • 重建效率仍未达到单载体全长表达水平:虽然REVeRT能实现功能性恢复,但其效率通常仍低于全长单载体对照,例如luciferase在体内和类器官中的恢复都只是部分比例,提示该系统仍需进一步优化。
  • 系统对剪接元件设计较敏感:SAS对效率影响尤其显著,不同SAS之间差异很大;互补结合域、是否保留polyA、split site选择等也都会影响结果。这说明REVeRT虽然灵活,但并不是完全“即插即用”,仍需针对不同目标进行工程优化。

4. Hybrid AK:把“重组”和“剪接”组合起来[1]

将”大基因递送”从传统依赖ITR随机串联的低效重组,升级为依赖外源性高重组原性序列(AK)介导的高效同源重组的”定向拼接”。

设计原理:

Hybrid AK的核心设计是把完整表达盒拆成两个携带互补AK重组臂的AAV载体(图4):

  • AAV-5’载体:携带启动子与目标基因(GOI)5’端片段,并在末端依次连接剪接供体位点(SD)与AK重组序列(F1噬菌体来源,77bp), flank以ITR,形成”重组臂+剪接信号”的双重功能模块。
  • AAV-3’载体:携带AK重组序列(与5’载体互补)、剪接受体位点(SA)、GOI 3’端片段和poly(A)信号,AK-SA-GOI-3’序列位于ITR之间,确保重组后形成完整转录单元。
  • 关键设计:AK序列作为外源性重组原性区域,不依赖GOI内部序列同源性,使拆分位点选择更灵活;SD/SA信号嵌套于AK序列两侧,确保DNA重组后通过顺式剪接精确去除重叠区。

重组机制

该双AAV载体系统通过共感染实现目标基因(GOI)的高效重建(图4):

  • AK序列启动重组:共感染后,两个载体通过AK序列介导的分子间同源重组,将5’载体的”Promoter-GOI-5′-SD-AK”与3’载体的”AK-SA-GOI-3′-poly(A)”精确拼接,形成单一连续DNA分子。
  • mRNA成熟与翻译:重组后的DNA转录为pre-mRNA,包含SD-AK-SA内含子结构,经顺式剪接去除AK序列及连接区,生成可翻译的成熟GOI转录本。
  • 方向性控制:AK重组序列显著提高头尾串联(head-to-tail)正确方向的比例,减少错误串联导致的表达失败。

优点

  • 重组效率更高、方向性更强:AK序列的高重组原性显著优于单纯ITR介导的随机串联。
  • 适用范围更广:不依赖GOI内部同源序列,可通用化设计。

挑战

  • 共感染门槛仍在:双载体系统本质上依赖同一细胞同时获得两个AAV;组织/血清型/剂量分布不均会限制总体有效细胞比例。
  • 组织特异性差异:不同细胞的DNA修复通路活性影响重组效率。
  • 血清型组合优化:AAV血清型与靶组织的匹配对共转导效率影响显著。

图4 ak法双aav载体递送策略

图4 AK法双AAV载体递送策略[1]

 

5. Split intein:在蛋白层面完成“无缝拼接”[6]

如果说前两种策略依赖的是细胞自身的“剪刀加浆糊”,那么内含肽策略则是为蛋白片段引入了能“自我重组”的智能模块。

设计原理:内含肽(Intein)是一类特殊的蛋白质序列,能够从一个前体蛋白中自我“剪切”出去,并同时将两侧的“外源蛋白”(Extein)通过标准的肽键连接起来。分裂内含肽(Split-Intein)则是将一个内含肽拆分成N端(IntN)和C端(IntC)两部分。我们将大蛋白拆分成两半,分别与IntN和IntC融合,并由两个AAV载体递送(图5)。

重组机制:当两个融合蛋白在细胞内相遇时,IntN和IntC会自动识别、折叠并缔合,恢复内含肽的完整功能,然后催化自身切除,并将两侧的目标蛋白片段无痕地连接在一起,形成全长功能蛋白。

优点:

  • 反应快速、效率高:蛋白质剪接过程非常迅速,例如常用的Npu DnaE和 Rma DnaB 内含肽,其反应半衰期可达秒级。
  • 绕开转录和剪接:直接在蛋白质层面操作,不受转录效率、mRNA稳定性等因素影响。
  • “无痕”连接:理想情况下,连接处不引入任何额外的氨基酸。

挑战:

  • 剪接效率:部分内含肽系统存在不完全剪接的问题,可能与蛋白折叠、聚集有关。
  • 拆分位点选择:拆分位点的选择对目标蛋白的折叠和功能至关重要,需要仔细评估。
  • 免疫原性:内含肽作为外源蛋白,存在引发免疫反应的潜在风险。

图5 内含肽双aav载体递送策略

图5 内含肽双AAV载体递送策略[6]

6. AAVLINK技术: 新近出现的位点特异性重组路线[7]

将“大基因递送”从传统依赖同源重叠的 DNA自发拼接,升级为依赖 Cre/lox 位点特异性重组的“强制拼接”。

设计原理:

AAVLINK 的核心设计是把完整表达盒拆成两个彼此“单独不完整、合在一起才完整”的 AAV(图6):

  • AAV-5’载体:携带启动子与目标基因(GOI)5’端片段,并在末端加入剪接供体位点(SD)与一个 lox 位点,同时刻意不提供有效 poly(A),使其单独进入细胞时难以形成稳定表达。
  • AAV-3’载体:放入启动子驱动的 Cre 重组酶表达框,并在一个人工内含子里嵌入另一个 lox 位点,在其后依次连接剪接受体位点(SA)、GOI 3’端片段和 poly(A),其中一个关键技巧是把 GOI 的 3’片段“隐藏”在 Cre 的 3’UTR/内含子结构之后,让重组前更像非完整表达盒。
  • AAVLINK系统还可扩展至三载体配置,进一步突破载体容量限制。通过合理设计多个lox位点和剪接位点的组合(图7),三载体AAVLINK系统能够递送高达11kb的遗传物质,这几乎涵盖了大多数与人类遗传疾病相关的大基因。在三载体系统中,基因被分割成三个片段分别装载,通过Cre介导重组和剪接过程,最终重建完整的功能基因表达单元。
  • 为进一步降低重组的可逆性,系统通常采用左右臂突变的非对称 lox(LE/RE)配对,使重组后生成难以再次被 Cre 识别的双突变位点,从而让拼接更趋于不可逆。

重组机制:

该双AAV载体系统(或三载体系统)通过共感染实现目标基因(GOI)的条件性表达(图6-7):

Cre酶启动重组:共感染后,3’载体首先表达Cre重组酶。

分子间基因重建:Cre酶识别并介导载体间loxP位点的分子间重组,将各载体携带的基因片段精确拼接,形成一个完整的转录单元。

mRNA成熟与翻译:重组后的DNA转录为前体mRNA,随后通过SD/SA介导的剪接反应去除人工内含子,生成可翻译的成熟GOI转录本。

自我失活的安全开关:重组过程会使Cre编码序列与其表达所必需的SA/poly(A)元件分离,导致Cre在完成重组任务后表达迅速终止。这种瞬时表达策略,显著降低了长期表达可能带来的脱靶或免疫风险。

图6 aavlink系统示意图

图6 AAVLINK系统示意图。对于双AAV载体方案,其中一条载体携带GOI的5′端部分,并在其末端加入SD(剪接供体)等元件,但缺乏poly(A)信号;另一条载体包含Cre重组酶表达框及相关UTR,并将GOI的3′端片段(连同SA,剪接受体)布置在Cre转录单元的下游/非完整表达盒结构中。重组发生前,只有Cre因具备完整表达盒而更易被表达[7]。

图7 aavlink介导的三载体递送示意图

图7 AAVLINK介导的三载体递送示意图。在三载体(tripartite)方案中,需要使用两对lox位点来组装被分段拆分的GOI。第一对lox位点(loxJT15 与 loxJTZ17)介导GOI 5′端片段与GOI主体(body)片段之间的重组;随后,GOI的3′端片段通过另一对间隔/突变型lox位点(lox2272-JT15 与 lox2272-JTZ17)发生重组,从而被转位并连接到GOI主体片段的下游[7]。

 

优点:

  • 重组效率更高、可控性更强:由Cre/lox驱动的位点特异性重组通常比细胞内源同源重组更稳定、更高效。

  • 副产物更少:通过“5’端无poly(A)+带SD抑制成熟”“3’端把GOI-3’放在Cre之后且需经重组+剪接才变成表达盒”,能显著降低传统双AAV常见的截短蛋白/错误拼接产物。

  • 拆分位点更灵活:不再强依赖几百bp同源重叠序列,拆分策略可围绕剪接与载体容量做更灵活优化。

  • 载体容量突破:三载体系统可递送高达11kb的遗传物质,覆盖绝大多数大基因治疗需求。
  • 表达更干净、Cre更短暂:重组后GOI是“完整DNA表达盒”,可获得较长期表达;同时Cre在完成重组后被“自我关停/显著衰减”,有利于安全性。

挑战:

  • 共感染门槛仍在:多载体系统本质上依赖同一细胞同时获得所有AAV载体,组织/剂量/血清型分布不均会限制总体有效细胞比例。

  • Cre相关安全性与免疫风险:Cre属于外源蛋白,存在潜在毒性或免疫原性;也可能在极端情况下带来非预期重组风险,因此文章中进一步提出了 AAVLINK2.0(如用降解标签使Cre更易降解)来缓解生物安全顾虑。

  • 工艺与质控复杂度增加:需要多种载体分别生产、定量、配比与一致性控制;临床级放大时对批间差异更敏感。

7. 其他创新策略

三 AAV 载体系统(Triple AAV) 是一种面向超大基因的容量扩展策略:如果把单个 AAV 理解成一个“快递盒”,那它最大的难题就是空间太小:很多真正关键的疾病基因,根本装不进去。像 DMD 这样的超大基因,全长编码序列超过 11 kb,单 AAV 不够,双 AAV 也往往很吃力,这时候就需要 Triple AAV 出场了。它的核心思路并不是简单“多加一个载体”,而是把同一套表达信息拆成 3 段,分别装进 3 个 AAV,再让它们在同一个目标细胞里重新拼回完整产物。这个“拼回去”的过程,既可以发生在 DNA/RNA 层面,也可以发生在蛋白层面,所以三 AAV 更准确地说是一种容量扩展框架,而不是某一种固定技术。它真正厉害的地方在于,把过去几乎不可能的“全长大基因递送”拉回到了可验证、可优化的现实范围;当然,代价也很明确:3 个载体必须同时进入同一个细胞,后续组装还要足够高效、足够准确,整体工艺难度也会明显上升。

典型设计是利用两对正交的分裂内含肽,将目的蛋白拆分为三段,由三个 AAV 分别递送:

(1)中间片段两端各融合一对内含肽(IntC₁ + IntN₂);(2)N 端片段融合 IntN₁;(3)C 端片段融合 IntC₂。三个片段在细胞内共表达后,依次发生两步蛋白反式剪接,最终组装出全长蛋白(图8)[9]。

这一策略已在mdx小鼠模型中得到验证[6],成功表达了全长427 kDa抗肌萎缩蛋白(dystrophin),并显示出优于micro-dystrophin的功能恢复效果。该研究为超大基因的体内递送提供了可行方案,但其在大型动物模型(如猪、狗、羊等)中的验证仍需进一步研究。

图8 两组正交的内含肽三aav载体递送策略

图8 两组正交的内含肽三AAV载体递送策略[9]

策略对比总览

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二、经典应用案例分析

案例1:Stargardt遗传性黄斑变性的基因治疗(重叠法)[2]

背景:Stargardt病是最常见的遗传性黄斑变性,由ABCA4基因突变导致。ABCA4基因长达6.8kb,远超AAV病毒载体4.7kb的包装容量,传统方法无法递送完整基因。

策略:McClements 等人采用重叠法双AAV载体策略,将ABCA4基因拆成两段(图9),分别装入两个AAV载体,两段设计207-505bp的DNA重叠区。当两个载体同时进入光感受器细胞核后,通过同源重组自动拼接成完整基因,像”分子拼图”一样恢复全长蛋白表达。

图9 abca4重叠双载体系统示意图

图9 ABCA4重叠双载体系统示意图。腺相关病毒(AAV)转基因元件被拆分为两个独立的转基因(上游和下游)。上游转基因包含启动子及ABCA4编码序列的上游片段,下游转基因携带ABCA4编码序列的下游片段以及WPRE和pA元件。当两个转基因进入同一宿主细胞核后,通过重叠区域进行对齐并重组。

实验操作:

在Abca4基因敲除小鼠视网膜下腔注射双AAV混合物,系统测试6种重叠长度(23-1,173bp)。最优组合为含内含子的207bp重叠载体(InC),剂量1×10¹⁰GC/眼。

实验结果:

Western blot证实全长ABCA4蛋白在光感受器外节正确表达,视网膜毒素水平显著降低(p=0.03)。6个月后,治疗眼眼底自发荧光减弱,脂褐素沉积受控,截短蛋白副产物较少,未见明显安全性信号(图10)。

图10 小鼠眼球切片的abca4(绿色)和hcn1(红色)染色

图10 小鼠眼球切片的ABCA4(绿色)和Hcn1(红色)染色。细胞核用Hoescht染色。(A) 野生型SVEV 129小鼠光感受器外节的Abca4染色。(B) 未注射的Abca4⁻/⁻小鼠中Abca4染色缺失。(C) 注射上游载体的Abca4⁻/⁻小鼠中ABCA4缺失。(D) 注射下游载体的Abca4⁻/⁻小鼠中ABCA4染色缺失。(E) 注射双载体的Abca4⁻/⁻小鼠光感受器外节的ABCA4染色。

案例2:DFNB9 型先天性耳聋的基因治疗(内含肽策略,从实验室到临床[8]

背景:OTOF基因突变导致DFNB9型听神经病(占先天性遗传性耳聋2-8%),编码的otoferlin蛋白在内毛细胞中调控突触囊泡释放。由于OTOF基因过大(约6kb),超过单个AAV载体包装容量。

策略:Tang 等人采用双AAV载体介导的蛋白反式剪接策略(图11),在S818和S1114位点拆分小鼠otoferlin蛋白,通过蛋白质结构预测筛选出最优拆分位点(S1114),将N端片段与分裂内含肽N段(IntN)、C端片段与分裂内含肽C段(IntC)分别融合,包装至AAV-PHP.eB血清型,经圆窗膜(RWM)注射导入新生Otof⁻/⁻小鼠耳蜗,利用分裂内含肽自催化拼接恢复完整otoferlin蛋白功能,实现听力长期稳定恢复。

图11 双aav病毒载体的构建

图11 双AAV病毒载体的构建。将小鼠耳畸蛋白(otoferlin)在S818或S1114残基位点处分割,随后将otoferlin的N端和C端片段分别与分割型Rma内含肽(split Rma intein)一起包装进AAV-PHP.eB载体,并通过圆窗膜(RWM)给药方式注射到小鼠耳蜗内。所使用的小鼠模型为Otof基因缺陷型小鼠。

实验操作:

构建双AAV系统:将小鼠/人源OTOF cDNA在筛选位点分割,分别构建至AAV-载体(CAG/CMV启动子)并包装PHP.eB血清型病毒,滴度1×10¹³ vg/mL。

单侧注射:向新生Otof⁻/⁻小鼠右耳蜗注入2μl混合病毒(N:C=1:1),成年鼠经后半规管注射。

功能评估:注射后1/2/6个月测ABR阈值,免疫荧光检测蛋白共表达率,膜片钳记录囊泡释放和Ca²⁺电流。

实验结果:

听力恢复:注射耳click-ABR阈值恢复至野生型水平(43dB),持续6个月以上;对侧耳改善至52-56dB,证实单侧注射实现双侧疗效。

转导效率:注射耳约70%内毛细胞共表达蛋白片段,对侧耳约35%,与听力改善程度正相关。

功能修复:快速囊泡释放(ΔCm 7.15fF)和囊泡补充速率(287个/秒/活性区)均恢复至野生型水平,Ca²⁺电流正常。

临床转化:人源OTOF系统在小鼠模型中同样有效,无耳毒性,为DFNB9耳聋治疗提供了高效、安全的策略。

图12

图12 使用内含肽介导的小鼠耳畸蛋白(otoferlin)在P0–P2天注射治疗Otof–/–小鼠的双侧耳聋。A 将Rma-S1114包装进双AAV-PHP.eB后注射到Otof–/–小鼠,记录其click-ABR阈值(野生型组,n = 12;注射耳组,n = 6;对侧耳组,n = 6;Otof–/–组,n = 10;AAV-eGFP组,n = 6)。B 将Rma-S1114包装进双AAV-PHP.eB后注射到Otof–/–小鼠,记录其短纯音ABR阈值(野生型组,n = 12;注射耳组,n = 6;对侧耳组,n = 6;Otof–/–组,n = 10;AAV-eGFP组,n = 6)。C、D 将Rma-S1114包装进双AAV-PHP.eB注射后,分析Otof–/–小鼠(P30)注射耳和对侧耳的免疫荧光结果。蓝色、红色和白色分别表示细胞核、N端otoferlin和C端otoferlin。DAPI是核染色染料,N端和C端耳畸蛋白分别用抗N端和C端耳畸蛋白抗体(ab53233,Abcam;PA552935,Invitrogen)进行免疫染色。AAV-eGFP组指仅注射携带eGFP的AAV载体的Otof−/−小鼠,n = 6。比例尺:100 μm(C、D,左侧),10 μm(C、D,右侧)。数据以均值±标准误表示。ns,无显著性差异;**P < 0.01

案例 3:杜氏肌营养不良症(DMD)的基因治疗(三 AAV 内含肽策略)[6]

背景:杜氏肌营养不良症(DMD) 是由 Dystrophin基因突变引起的遗传性肌肉疾病,该基因编码的抗肌萎缩蛋白(dystrophin)全长 cDNA 约 11.2 kb,是 AAV 大基因递送领域最具挑战性的靶标之一。现有的”微缩化 Dystrophin(micro-Dys / mini-Dys)”策略通过删减非关键结构域将 CDS 压缩至 3.6~5 kb,但删减带来的功能代偿性损失始终是一个争议。

策略:Tasfaout 等人开发了两对正交分裂内含肽介导的三 AAV 系统。将Dystrophin基因拆分成2-3段,分别装入不同AAV载体中,利用两对正交内含肽依次连接。当多个载体同时转导肌肉细胞后,内含肽通过自催化反应将蛋白片段无缝连接成完整的功能性dystrophin蛋白,如”分子缝合”般恢复全长蛋白表达。首次实现了接近全长 Dystrophin(14 个 Rod 结构域,约 8.9 kb CDS)的体内递送(图13)。

图13 三载体分裂内含肽介导的蛋白反式剪接策略示意图

图13 三载体分裂内含肽介导的蛋白反式剪接策略示意图。

实验操作:

  • 构建双/三AAV系统:将人源Dystrophin cDNA在优化位点分割,分别构建两种分裂式载体系统:(1) 编码截短型Dystrophin(midi-Dys,ΔSR5-15),由2个AAV载体携带;(2) 编码全长Dystrophin(full-Dys),由3个AAV载体携带。均采用肌肉特异性CK8e启动子。
  • 包装肌肉趋向性 AAVMYO 血清型用于系统递送;尾静脉给药设置低和高剂量:2×10¹³ vg/kg 与 2×10¹⁴ vg/kg。
  • 在 mdx⁴ᶜᵛ 小鼠中进行给药评估:3 周龄 TA 肌肉注射 5×10¹⁰ vg(用于局部验证,AAV6);8 周龄与 17 月龄进行尾静脉注射(低剂量2×10¹³ vg/kg,高剂量2×10¹⁴ vg/kg,AAV9或AAVMYO)。
  • 随访并检测疗效:肌注后约 5 周、静脉给药后约 12 周(≈3 个月)及 6–7 个月,评估 Dystrophin 表达、肌肉组织学改善及肌肉/心脏生理功能恢复。

实验结果:

  • AAV6 系统给药可行性验证(8 周龄 mdx⁴ᶜᵛ,治疗 3 个月):Western blot 定量显示,双 AAV 递送 midi-Dys 表达约达 WT 的 75%;三 AAV 递送 full-Dys 约达 WT 的 31%;对照 μDys5 仅约 8%(图14)。
  • AAVMYO 系统递送转导优势(老年组对比 AAV9):在 17 月龄 mdx⁴ᶜᵛ 治疗 7 个月的实验中,AAVMYO 可获得约 ~60% dystrophin 阳性肌纤维,而 AAV9-μDys5 仅约 ~5%,约为 12 倍差异。
  • 组织学改善(骨骼肌/心肌):治疗后可见病理负担下降,包括中央核肌纤维比例下降,以及纤维化与炎症浸润减轻;整体肌肉结构更接近正常。
  • 功能恢复与保护:骨骼肌力量(如 TA specific force)与心脏应激下左室功能均出现明显改善;在老年小鼠中,治疗 7 个月仍维持显著保护效应,可抵御进行性肌肉萎缩与功能退化。

图14

图14 在 mdx4cv 小鼠体内对 AAV6 分体 intein/Dys 构建体的验证。a)对照组或注射 5×10^10 vg 的 AAV6 N 端和/或 C 端分体 mini-Dys/intein 后的胫前肌(T.A)组织裂解液的 Western blot。b)以 GAPDH 归一化后的蛋白表达量,以及c)通过灰度分析(densitometry)计算剪接产物(上方条带)或未剪接产物(下方条带)的比例(WT n=4;注射肌肉 n=5)。d)采用两种不同的双载体组合处理后的胫前肌横切面:苏木精-伊红染色(H&E,上排;比例尺:50 μm),或用针对肌营养不良蛋白(dystrophin)N 端或 C 端结构域的抗体进行免疫标记(下排;比例尺:50 μm)。e)Western blot 显示采用三 AAV 载体策略处理后的胫前肌中全长肌营养不良蛋白的表达。f)全长肌营养不良蛋白表达量以 GAPDH 归一化,以及g)通过灰度分析定量不同产物的比例(每组 n=4 块肌肉)。h)肌肉横断面冷冻切片:H&E 染色(上排;比例尺:50 μm),或用针对 dystrophin 的 N 端、中部或 C 端片段的抗体进行免疫标记(下排;比例尺:50 μm)。i、j)Western blot 显示 WT、注射生理盐水的 mdx4cv,以及接受系统给药(总剂量 2×10^14 vg/kg)的 mdx4cv 小鼠在胫前肌(i)或心肌(j)中 dystrophin 的蛋白表达情况;处理方式包括单载体、双载体或三载体 AAV。k)胫前肌横切面:H&E 染色(上排;比例尺:50 μm),以及 dystrophin 或 laminin 的免疫荧光染色(下排;比例尺:100 μm)

意义:

相比 micro-Dys 策略,该方法递送的蛋白更接近生理结构,理论上可保留更完整的功能,为 DMD 基因治疗提供了新的思路。

 

四、技术选择的实践建议

在实际设计大基因递送方案时,以下几点建议可供参考:

1. 优先评估目的基因的结构特征:拆分位点应避免破坏重要的蛋白质功能结构域或高度保守区域。对于反式剪接策略,应优先选择外显子-内含子边界处作为拆分点,以利用天然的剪接信号。

2. 匹配靶组织的重组效率:分裂内含肽策略在分裂后细胞(神经元、肌肉细胞、光感受器等)中表现尤为稳健,因为这些细胞不依赖 DNA 复制来实现双链化。反之,在快速增殖的细胞类型中,DNA 重组策略可能效率较高。

3.  严控双病毒的剂量比例:双载体策略的疗效高度依赖两种 AAV 的共感染率,两个病毒的剂量比应尽量保持 1:1,并通过滴度精确定量(推荐 ddPCR)来确保配比准确。

4. 重视安全性评估:内含肽、剪接信号等外源元件的免疫原性评估不应缺席,尤其在 NHP 或临床前毒理研究阶段。

5. 充分利用已发表的优化数据:针对 OTOF、ABCA4、DMD 等已有大量文献优化拆分位点和载体设计,建议充分参考现有数据,减少探索成本。

五、总结与展望

AAV的容量瓶颈虽然是一个巨大的挑战,但科学家们的智慧和创造力已经为我们开辟了多条“破限”之路。从DNA重组,到mRNA剪接,再到蛋白质自剪接,这些精妙的分子策略不仅极大地拓展了AAV的应用范围,更在多个重大疾病的治疗上展现出巨大的潜力,部分策略已推进到临床研究并出现积极结果。

未来,随着对这些重组机制更深入的理解、新型高效内含肽的发现与改造、以及更精准的基因编辑工具的涌现,我们有理由相信,AAV大基因递送技术将变得更加高效、安全和普适。

我们致力于走在这场技术革命的前沿,与广大科研同道一起,推动基因治疗跨越“容量”的边界,去探索更广阔的生命科学新大陆。

派真生物的技术平台与支持

我们致力于为科研人员提供稳定、可靠的工具病毒和技术支持,与您一同应对挑战。我们相信,强大的工具平台是推动科学发现的基石。

1.载体构建与咨询
面对一个大基因,选择合适的策略是成功的第一步。我们乐于与您共同探讨实验方案,并利用我们成熟的平台优势,将您的设计转化为高质量的AAV工具。

策略探讨:我们可以与您一起分析重叠法、反式剪接法和内含肽法等不同策略的利弊,结合您的具体研究目标和实验体系,提供我们的经验和看法。

载体构建:根据您最终确定的设计方案,我们提供高质量的质粒构建和AAV载体构建服务,确保您的研究建立在可靠的起点之上。

2. 高质量的病毒包装与质控
双载体策略的成功,高度依赖于两种 AAV 病毒的质量和精确的剂量配比。

严格的质控标准:我们提供高纯度、高滴度的AAV病毒,并通过qPCR、银染、ddPCR等多种手段确保病毒的滴度准确、纯度高、空壳率低。

参考文献:

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关于派真

作为一家专注于AAV 技术十余年,深耕基因治疗领域的CRO&CDMO,派真生物可提供从载体设计、构建到 AAV、慢病毒和 mRNA 服务的一站式解决方案。凭借深厚的技术实力、卓越的运营管理和高标准的服务交付,我们为全球客户提供一站式CMC解决方案,包括从早期概念验证、成药性评估到IITINDBLA的各个阶段。

 

凭借我们独立知识产权的π-alphaTM 293 细胞AAV高产技术平台,我们能将AAV产量提高多至10倍,每批次产量可达1×10¹⁷vg,以满足多样化的商业化和临床项目需求。此外,我们定制化的mRNA和脂质纳米颗粒(LNP)产品及服务覆盖药物和疫苗开发的各个阶段,从研发到符合GMP的生产,提供端到端的一站式解决方案。

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