AAV（腺相关病毒）三质粒包装系统是一种常用的基因转移工具，主要用于在细胞和动物模型中转入基因，研究基因功能或开发基因治疗方案。AAV的三质粒包装系统通常包括以下三个质粒：
载体质粒（Transfer plasmid）：包含目的基因序列（即希望转入细胞的基因）以及AAV的反向末端重复序列（ITRs），ITRs是AAV基因组的两端序列，负责包装和整合功能。AAV没有自己的复制蛋白，所以ITRs序列的存在可以让目的基因在病毒包装时被识别并嵌入病毒颗粒中。
包装质粒（Packaging plasmid）：包含AAV病毒的主要结构蛋白基因，如Rep和Cap。其中Rep蛋白是AAV的复制蛋白，负责AAV基因组的复制和包装；Cap蛋白是AAV的衣壳蛋白，用于病毒颗粒的组装。这些基因的表达让细胞产生必要的蛋白质来组装和包装病毒颗粒，但不包含在最终包装的AAV基因组中。
辅助质粒（Helper plasmid）：包含腺病毒的某些关键基因，如E1A、E1B、E2A、E4和VA基因，这些基因会提供额外的辅助因子，帮助AAV的复制和包装。这些基因来自腺病毒，但并不会导致完整的腺病毒生成，只是为了支持AAV的生产过程。
包装过程如下：
当这三个质粒共同转染到包装细胞（如HEK293细胞）中时，各自表达相应的蛋白和基因元件，实现AAV病毒的包装。载体质粒上的目的基因在ITRs的帮助下形成一个完整的AAV基因组，包装质粒中的cap和rep基因表达相应的AAV蛋白，rep蛋白负责复制AAV基因组，而cap蛋白形成AAV的衣壳，辅助质粒中的腺病毒辅助基因提供包装所需的支持，增强AAV的复制和包装效率。
在这个系统中，AAV基因组被包裹在由cap蛋白形成的衣壳中，形成完整的AAV颗粒。
最终产生的AAV颗粒中，仅包含目的基因的序列，没有包装质粒和辅助质粒中的其他基因，因此AAV颗粒具有较高的安全性和稳定性。这些AAV颗粒可以感染目标细胞并将目的基因转入，但因为AAV为复制缺陷型病毒，通常不会引起致病性。