在早期阶段考虑到将来工业化的可行性(安全/有效/经济)，排查候选载体在生产工艺上的风险，并为确定合适的载体和生产工艺路线提供数据支持。对于开发后期的候选载体进行分析，为候选载体确认提供依据。
| 质量管理项目 | |||||
| 阶段 | 考察项目 | 分析方法 | 备注 | 交付 | 周期 |
| 候选质粒/血清型可开发性分析 | 生物活性 | Cell based assay | √ | 候选质粒分析报告，为筛选确定载体序列提供依据 | 6-8周（不含体内活性） |
| In Vivo express | 由客户执行 | ||||
| 产量分析 | ddPCR | √ | |||
| 基因组完整性 | 2d ddPCR | √ | |||
| CE | √ | ||||
| 衣壳内HCD残留 | qPCR | √ | |||
| 衣壳内质粒DNA残留 | ddPCR（multiplex target） | √ | |||
| rcAAV 残留分析 | ddPCR/cell based assay | √ | |||
| scAAV比例 | AUC | 适用于scAAV类载体 | |||
| AAV产品属性及稳定性评估 | 测试工艺CQA表现 | 含量/纯度/杂质/活性检测 | √ | AAV产品属性及稳定性评估，为制剂开发提供指导性建议 | 6-8周（不含体内活性） |
| 制剂稳定性（37℃ 3天/反复冻融1/5/10次） | DLS/SEC HPLC（2组常规buffer） | √ | |||
| 基因组稳定性（37℃ 3天/反复冻融1/5/10次） | DLS/SEC HPLC（2组常规buffer） | √ | |||
| 热稳定性 | DSF | TBD/optional | |||
| AAV包装颗粒组分表征 | AUC（AAV中间体或基因组单体分析） | TBD/optional | |||
| VP蛋白分子量、比例及异构体信息 | HPLC MS | TBD/optional | |||
2、 AAV基因组完整性
采用毛细管电泳进行AAV基因组分析可以查看不同GOI的基因组整体完整性
不同GOI质粒包装的AAV基因组完整性不一致，可根据2d ddPCR分析进行筛选优化序列
| 样品名称 | GOI-1 双阳性比率 |
GOI-2 双阳性比率 |
| 候选A | 65.40% | 75.42% |
| 候选B | 62.14% | 68.79% |
| 候选C | 62.03% | 71.70% |
| 候选D | 63.58% | 72.73% |
3、AAV包装颗粒组分表征–衣壳异质性分析
采用分析型超速离心（AUC）分析AAV的不同衣壳类型（空壳、错包、实心、超包装颗粒）进行AAV衣壳类型分析，可以查看不同GOI的包装的异质性。特别是一些microRNA或者ncRNA的包装体系。
不同的GOI长度及设计方式对AAV的基因组包装及颗粒构成有较大的影响
4、SEC HPLC 提供基因组稳定性分析
5、制剂稳定性
不同缓冲体系下的表现不一致，为后期制剂筛选提供初步稳定性的数据支持
