倒位重复序列（ITR, Inverted Terminal Repeat）是指一段在基因组两端重复的核苷酸序列，但它们的方向是相反的。ITR通常存在于一些病毒基因组中，如腺相关病毒（AAV）的单链DNA基因组中，起到关键的结构和功能作用。
一、ITR的结构特点
对称性：ITR序列在两端是完全相同但方向相反的重复序列。
茎环结构：ITR能够形成发夹状的二级结构，这种结构是由自身碱基互补配对形成的。
二、ITR在AAV中的作用
1.启动病毒复制：
AAV基因组为单链DNA，复制需要形成双链DNA模板。ITR的茎环结构能够作为引物，为病毒复制酶（如Rep蛋白）提供起点。
ITR序列包含特定的结合位点，使得AAV的Rep蛋白能够结合并启动基因组的复制。
2.包装信号：
ITR是AAV基因组包装的必需元件。没有ITR序列，AAV的基因组不能正确地装入病毒衣壳。
3.转基因表达调控：
在重组AAV（rAAV）载体中，ITR被保留下来，用于保持载体的功能。它确保转基因能够整合或稳定地维持在细胞内，并被成功表达。
4.稳定性和整合：
ITR参与将AAV基因组整合到宿主基因组中的特定位点（通常是人类染色体19上的AAVS1位点）。虽然重组AAV通常不会整合到基因组，但ITR对病毒的稳定性和功能仍然至关重要。
5.转基因载体的框架：
在基因治疗中，ITR是重组AAV载体的必需组成部分。重组AAV载体中只保留了两端的ITR，病毒的其它编码序列被替换为目标基因，因此ITR还在调控载体基因组包装、传递和功能中起关键作用。
ITR在AAV中具有核心的结构和功能意义，是AAV复制、包装、传递和基因表达的关键元素。