AAV病毒包装质粒主要包括以下几种：
1.表达载体
基本结构：包含ITR序列、启动子、多克隆位点等。ITR序列是AAV基因组的两端各有一个的反向末端重复序列，负责引导病毒载体基因组复制和包装；启动子用于驱动外源基因的表达；多克隆位点则便于外源基因的插入。
功能：用于携带外源基因，将野生型AAV的Rep基因和Cap基因剔除后，用外源基因及表达调控元件替代，以实现特定基因的递送和表达。
2.包装质粒（Rep-Cap plasmid）
基本结构：负责表达AAV的Rep和Cap基因。Rep基因编码的蛋白参与AAV基因组的复制和调控；Cap基因编码病毒的结构蛋白，包括VP1、VP2和VP3，这三种蛋白组装成病毒衣壳。
功能：形成AAV病毒的结构蛋白，决定AAV的血清型和组织嗜性。不同的血清型具有不同的组织亲和性，如AAV2.7m8可在肝脏、心脏、肌肉、肺部和中枢神经系统等多种组织中高效递送基因。
3.辅助质粒（pHelper plasmid）
基本结构：包含腺病毒的E2A、E4和VA基因等。
功能：由于野生型AAV是复制缺陷型的，需要依赖辅助病毒才能感染靶细胞。该辅助质粒利用已经明确与调节AAV复制和表达的腺病毒基因产物，通过转染引进宿主细胞，从而确保重组AAV病毒具有感染性，消除AAV对辅助病毒的依赖，解决了AAV生产过程中要去除腺病毒污染的难题。