在腺相关病毒（AAV）原液中，常见的杂质主要包括以下几类：
1. 宿主细胞来源的杂质
核酸杂质：宿主细胞残留的基因组DNA或RNA。
蛋白杂质：来自宿主细胞的蛋白质（如HCP，Host Cell Protein）。
内毒素：源自细菌表达系统中的脂多糖。
2. 病毒生产过程相关的杂质
空壳病毒：未包装基因组的AAV病毒空壳。
未成熟病毒：部分组装但功能不完全的病毒颗粒。
残留转染试剂：如聚乙烯亚胺（PEI）或其他转染介质的残留。
3. 其他病毒颗粒相关杂质
组装不完全的病毒颗粒：如缺失部分结构蛋白的颗粒。
非特异性聚集体：AAV颗粒之间或AAV与杂质结合形成的聚集体。
4. 化学杂质
培养基成分残留：如培养基中的盐类、糖类、氨基酸或其他化学试剂。
5. AAV相关的副产物
剪切或突变的基因组：包装过程中可能出现部分剪切或变异的AAV基因组。
包膜碎片或降解产物：病毒颗粒部分降解形成的小分子片段。
6. 外源微生物污染
细菌或病毒污染：生产或纯化过程中可能意外引入的其他微生物。
7. 非特异性颗粒物
来自设备或容器的微粒，如塑料、金属或玻璃碎片。
净化措施
为了去除这些杂质，常采用以下方法：
层析纯化：使用亲和层析、离子交换层析或分子筛层析分离病毒颗粒。
超速离心：通过密度梯度（如CsCl等）分离空壳和完整病毒。
滤过：使用超滤或病毒过滤器去除大分子杂质和外源污染物。
通过上述方法，可以显著减少AAV原液中的杂质，提高其纯度和安全性。