SCAAV（Self-Complementary AAV）和 SSAAV（Single-Stranded AAV） 的主要区别并不仅仅是 ITR（Inverted Terminal Repeat, 反向终端重复序列），它们在基因组结构、复制方式、转录效率等方面也有所不同：
1.基因组结构：
SCAAV（自互补 AAV）：SCAAV 的基因组是双链 DNA，它通过删除包装限制区域（通常是 D 端）来使 AAV 基因组能够自我互补形成双链结构，因此不需要宿主细胞的 DNA 聚合酶来合成互补链。
SSAAV（单链 AAV）：SSAAV 是传统的 AAV 形式，它的基因组是单链 DNA（ssDNA），进入细胞后需要依赖宿主细胞的 DNA 复制机制合成互补链，才能形成双链 DNA 进行基因表达。
2.ITR 结构：
SCAAV 的 ITR 被设计成能促进 DNA 自我互补，因此 SCAAV 载体通常会删除其中一部分 ITR，使基因组能环化形成双链 DNA。
SSAAV 载体的 ITR 结构完整，保证其单链 DNA 形式能够在细胞内高效形成双链。
3.基因包装能力：
SCAAV 由于其双链结构，占据了更多的 AAV 容量，因此它的载体基因大小一般不能超过 ~2.4 kb（比 SSAAV 低）。
SSAAV 可以携带更大的基因（最大接近 4.7 kb），因为它的基因组是单链 DNA。
4.基因表达效率：
SCAAV 由于自带双链 DNA，不需要额外的互补链合成，因此可以更快、更高效地启动基因表达，通常能实现更高的转录水平。
SSAAV 需要等待宿主细胞合成互补链，因此基因表达通常较慢，且表达水平可能较低。
虽然 ITR 结构在 SCAAV 和 SSAAV 之间有所不同，但它们的区别不仅限于 ITR。SCAAV 由于其双链结构，具有更快的基因表达和更高的效率，但基因包装能力较低；而 SSAAV 具有更大的基因包装能力，但依赖宿主细胞的复制机制来形成双链，因此基因表达效率较低。