AAV（腺相关病毒，adeno-associated virus）包装系统常见有两种：三质粒系统和二质粒系统。二质粒系统，指的是在 AAV 病毒包装过程中使用两种质粒来进行共转染。
一、二质粒系统的基本组成
1. AAV载体质粒（AAV vector plasmid）
包含目标基因（GOI）和两侧的AAV ITR（Inverted Terminal Repeat，反向末端重复序列），是病毒基因组的最小包装单位。
2. Helper质粒（Rep/Cap + Helper functions）
这一质粒融合了以下两个功能：
AAV 的 Rep 和 Cap 基因：分别负责病毒基因组的复制和衣壳蛋白的表达。
腺病毒辅助基因（Adenoviral helper functions）：如E2A、E4、VA等，这些对AAV的高效复制和包装是必需的，原先是由腺病毒提供的辅助功能。
二、与三质粒系统的区别
| 特点 | 二质粒系统 | 三质粒系统 |
| 质粒数量 | 2个 | 3个 |
| 组成 | AAV载体 + Helper质粒（Rep/Cap + Helper） | AAV载体 + Rep/Cap质粒 + 腺病毒辅助质粒 |
| 优点 | 操作简单，转染效率更高 | 更灵活，组件可控性强 |
| 缺点 | 质粒构建复杂，较不易调控 | 转染步骤稍复杂，效率可能受影响 |
| 适用场景 | 小规模生产、快速筛选 | 大规模生产（稳定性更高） |
三、二质粒系统的优势
提高效率：只需转染两种质粒，相比三质粒系统减少了质粒种类，细胞负担更小，质粒进入同一个细胞的协同概率更高，从而提升病毒包装效率。
降低成本：减少质粒制备的时间和费用。
实验操作更简便：共转染只需两种质粒，操作流程更简单，尤其适用于中小规模包装，节省实验时间，减少出错概率。