在腺相关病毒（AAV）包装过程中，常见的污染主要包括以下几类：
1. 宿主细胞来源的污染
宿主细胞DNA：包装过程中，293T或其他生产细胞的基因组DNA可能会残留在最终的AAV制品中。
宿主细胞蛋白（HCPs）：细胞裂解时释放的蛋白质，可能引发免疫反应或影响AAV纯度。
2. 质粒相关污染
残余质粒DNA：用于AAV生产的质粒未完全降解，会影响纯度。
内毒素（Endotoxin）：细菌来源的质粒提取过程中可能带入内毒素，影响生物安全性。
3. 空/杂包颗粒
空壳病毒（Empty Capsids）：没有装载基因的病毒颗粒，影响感染效率。
部分基因组病毒（Partial Particles）：基因组不完整，可能影响治疗效果。
4. 外源病毒污染
腺病毒（Adenovirus）：由于AAV生产通常使用腺病毒辅助系统，腺病毒的残留可能导致安全问题。
支原体（Mycoplasma）：来源于培养基或细胞，影响细胞生长及病毒生产。
其他外源病毒：来源于细胞或血清成分，可能引起免疫原性或安全性问题。
5. 培养基及工艺相关污染
血清蛋白：如果使用含血清培养基，血清蛋白可能会影响病毒的纯化和稳定性。
生物反应器污染：开放系统或操作不规范可能引入细菌、真菌或其他微生物污染。
6. AAV自身相关污染
反向重复序列（ITR）突变：ITR结构缺陷可能导致基因表达异常。
重组病毒：包装过程中可能发生重组，产生非目标AAV或其他病毒颗粒。
污染控制措施
为了减少这些污染，常用的控制措施包括：
优化纯化工艺：使用CsCl梯度离心、离子交换色谱、超滤等方法去除宿主DNA、蛋白和空壳病毒。
严格质控检测：qPCR检测残留DNA，ELISA检测宿主蛋白，SEC-HPLC或AUC分析病毒颗粒比例。
使用无血清培养基：降低外源蛋白和病毒污染风险。
确保生产环境符合GMP标准：无菌操作，定期检测支原体和其他微生物。