质粒DNA的抽取量减少、纯度降低，可能由多个因素导致，主要包括以下几个方面：
1. 细菌培养相关问题
菌液生长不良：如果细菌培养时间过长或过短，培养条件（如温度、摇床转速等）不适宜也可能导致菌液生长不良。可能影响质粒的产量。
抗生素失效：培养基中的抗生素可能在高温或长时间培养过程中降解，导致无质粒细胞的过度生长，影响提取量。在使用抗生素时，建议定期更换新鲜的抗生素溶液，避免长时间暴露在高温或光照环境中。
质粒拷贝数低：某些低拷贝质粒本身产量较低，如pBR322类低拷贝质粒，相比高拷贝质粒 (如 pUC 系列) 产量会低得多。
2. 质粒提取操作问题
裂解不完全：SDS-NaOH 裂解时，菌体未充分裂解会影响DNA释放，降低产量。裂解液浓度过低，可能无法有效破坏细胞壁和细胞膜。
沉淀蛋白与基因组DNA过度剪切：如果裂解时间过长或摇晃剧烈，可能导致基因组DNA污染，降低质粒纯度。
中和不充分：中和液 (通常含醋酸钾) 作用不足会影响质粒回收，导致纯度降低。
离心不充分：裂解液离心时，如果杂质没有充分沉淀，可能导致蛋白或基因组DNA残留，提高污染风险。
3. 纯化过程中的问题
异丙醇沉淀不完全：异丙醇或乙醇沉淀DNA时，如果未充分混匀或时间不够，可能影响DNA回收效率。此外，温度也可能影响沉淀效率。低温有助于DNA的沉淀。
洗涤不彻底：70%乙醇洗涤不足会导致盐污染，而洗涤过度可能导致DNA流失，影响产量和纯度。
RNA污染：若未使用RNase处理，可能导致RNA污染，影响纯度。
4. 试剂与材料问题
裂解液和中和液老化：关键试剂 (如SDS-NaOH裂解液) 失效，会影响质粒回收效率。
硅胶柱吸附能力下降：如果使用的是柱式法，硅胶膜可能因老化或饱和而吸附能力下降，影响提取效果。
乙醇浓度错误：洗涤和洗脱时乙醇浓度不对可能影响DNA溶解度。
5. 质粒降解
核酸酶污染：如果操作中未避免核酸酶污染（如未戴手套、未用DEPC处理水等），可能导致质粒降解。
存储不当：质粒长期存放于室温或反复冻融会导致降解。
解决方案建议
确保细菌生长良好，使用新鲜抗生素培养菌液；
避免剧烈震荡，优化裂解和中和步骤；
适当延长裂解和中和时间，确保充分反应；
采用RNase处理，减少RNA污染；
选择合适的质粒提取试剂盒或方法。
如果仍然存在问题，可以尝试更换试剂或优化实验条件。